Western blotting med serum: Udfordringer og optimerings-strategier

Brug af serum til Western blot er muligt men udfordrende på grund af:

• Høje mængder af proteiner (albumin, IgG) maskerer lav-abundante targets.
• Proteaser, glykoproteiner, lipider forårsager baggrund, smuds.
• Batch-variabilitet.

Optimerings-strategier

1. Fjern højt-abundante proteiner – Kommercielle kolonner (albumin/IgG-fjernelse).
2. Centrifugér og filtrér – Fjern debris, lipider.
3. Fordun optimalt – Balance signal vs. baggrund.
4. Blokering – 5% BSA eller fettfri mælk; længere inkubation.
5. Antikropps-titrering – Optimer primære/sekundære koncentrationer.
6. Længere vask, strengere buffers – Reducer ikke-specifik binding.
7. Positiv/negativ kontrol – Rent protein, serum fra knockout-model.

Når serum foretrækkes

• Detektion af autoantikroppper (patient-serum som primært antikropp).
• Studie af protein-protein-interaktioner i naturligt kontekst.
• Biomarker-opdagelse når væv ikke tilgængeligt.

For de fleste applikationer er rent protein eller celle-lysat overordnet. Brug serum kun når nødvendigt, med rigorøs optimering.