Dot-blot-analyse: Principper, anvendelser og begrænsninger

Et dot-blot (eller slot-blot) er en teknik, molekylerbiologer bruger til at detektere biomolekyler ved at påbringe en blanding, der indeholder biomolekylerne, direkte på et membran som en plet. Nukleotid-sonder eller antistoffer detekterer derefter biomolekylerne. Metoden bekræfter tilstedeværelsen eller fraværet af specifikke biomolekyler, men giver ingen oplysninger om biomolekylens størrelse, så andre tests er nødvendige.

Southern blot

Southern blotting er et protokol, der detekterer en specifik DNA-sekvens. Det kombinerer overførsel af kemisk adskilte DNA-fragmenter til et filtremembran med detektion af fragmenter fundet gennem son-hybridisering. Southern blots bestemmer antallet af sekvenser (genkopier) i et genom. Processen er navngivet efter den britiske biolog Edwin Southern, der udviklede den i 1975.

Northern blot

Northern blotting undersøger genudtryk ved at detektere RNA i et prøve. Protokollen gør det muligt at observere en cels kontrol over sin struktur og funktion. Northern blotting bestemmer specifikke genudtryk under en cels udviklingsstadier samt under abnorme eller sygdommelige tilstande. Northern blotting, der adskiller RNA-prøver efter størrelse, detekterer en del af hele målsekvensen. En forskergruppe ved Stanford University udviklede metoden i 1977.

Western blot

Western blot, også kaldet protein-immunoblot, detekterer specifikke proteiner i et vævsprøve. Den bruger gelelektroforese, der adskiller native eller denaturerede proteiner efter deres polypeptid-længde eller proteinstrukturen. Efter overførsel af proteiner til et membran bruger biologer antistoffer specifikke for måprotein til detektion. Western blotting anvendes til diagnostik af HIV, galde sygge (BSE), nogle former for Lyme-borreliose, hepatitis B og katte-AIDS (FIV).

Southwestern blotting

Southwestern blotting involverer identifikation og karakterisering af DNA-bindende proteiner via deres evne til at binde til specifikke sonder. Processen – udført via gelelektroforese og herefter overført til specifikke cellemembraner – kombinerer protokollerne for Southern blotting og Western blotting.