Tracking-farve i gelelektroforese: Funktion og betydning

Betydning

Gelelektroforese adskiller DNA-fragmenter efter størrelse. DNA lægges i agarosgel med elektrisk strøm. Mindre fragmenter bevæger sig hurtigere længere end store i samme tid.

Formål

DNA er farveløst i løsning. En farvet tracking-farve gør prøven synlig i røret og i gellet – uden at påvirke DNA'et.

Tracking

Standard: bromofenolblå i 50 % glyserol. Farver prøven blå. Når farven har vandret ~3/4 af gellets længde, slukkes strømmen.

Tæthed

Glyserol gør farven tyng, så prøven synker i gellets brønde i stedet for at flyde væk.

Farve-migration

Bromofenolblå migrerer som ~300 basepar DNA. For større fragmenter: xylene cyanole (migrerer som ~4.000 basepar).