Hvad er en Genome Browser?
Et genom browser er et web interface, der anvendes til at se det fysiske kort af et kromosom. Dette kort viser, hvor meget DNA adskiller to gener, som mlt i basepar. Humane kromosomer varierer i strrelse fra 50 millioner til over 250 millioner basepar. En genom browser viser skematiske fremstillinger af hele kromosomer samt "zoomet ind" skematik af enkelte gener og endda den faktiske basepar sekvens. En genom browser giver brugeren mulighed for at rulle p tvrs af et kromosom og zoome ind p bestemte steder. Mange genom browsere tillader brugeren at zoome ind p niveauet for visning den faktiske DNA-sekvens, selv om den virkelige anvendelighed af en browser i evnen til at se gener i deres strre sammenhng og ikke vist DNA-sekvens p nukleotidniveau. Den gennemsnitlige strrelse af et gen er 3000 basepar, s nr zoomet ind p basepar niveau, vil brugeren se mindre end et helt gen. Den strste menneskeligt gen, dystrophin, er 2,4 millioner basepar lang. Ud over at se skematiske fremstillinger af gener, kan genom browsere viser ogs andre nyttige oplysninger. Dette kan omfatte del af genet, som translateres til protein, kaldet mRNA, og DNA-sekvenser, der har andre funktioner end koder for protein. Genomet browseren kan ogs vise hvilke segmenter af DNA blev anvendt i processen med sekventering af genomet. En lang rkke organismer har sekventeret genomer. Der er ingen enkelt browser, der er standard p omrdet for genomforskning, s genom browsere kan variere mellem sekventerede genomer. Genom browsere har den funktion at kunne sge efter gener eller sekvenser af interesse, s brugeren kan springe fra den ene genomisk sted til et andet. Det ville ikke vre effektivt at rulle hen over et kromosom for at komme til et sted af interesse, p grund af den meget store strrelse af de fleste kromosomer. Nogle genom browsere har vrktjer kaldet gen sorteringsanlg. Dette vrktj viser en tabel af gener der er beslgtet med hinanden. Forholdet kan vre en af flere typer: sekvenshomologi lignende ekspressionsprofil, eller genomisk nrhed. De bruger sger efter et gen ved hjlp af et ord eller en stning, vlger den type forhold, han eller hun nsker, og genet sorteringsanlg viser resultaterne af sgningen.Relaterede Sundhed Artikler