Hvad er Shotgun sekventering?
Shotgun-sekventering er en fremgangsmde til DNA-sekventering, hvorved en lang strkning af DNA er fysisk opdelt i sm (ca. 2000 basepar)-fragmenter, der er klonet, sekventeret og samles ved hjlp af computeranalyse. Det blev udviklet og gjort bermt af Craig Venter fra Celera Corporation. Venter udviklet teknikken i 1996, mens de arbejder ved Institut for Genome Research. Venter grundlagde Celera i 1998 med den mission at sekventere det humane genom inden for tre r. Dette ml var i direkte konkurrence med den allerede er i drift Human Genome Project, et konsortium af universiteter arbejder sammen om at sekvens det humane genom bruger en ldre strategi kaldet kortbaseret eller BAC-til-BAC sekventering. Denne fremgangsmde involverede 1. Bryde genomet til 150.000 basepar stykker kaldes BAC'er, samling BAC'erne i rkkeflge, og derefter sekventering af hver BAC i detaljer. samlede genom shotgun-sekventering uden om oprettelse og kortlgning af BAC'er og starter lige med DNA-sekventering. Processen starter med at erhverve en prve af DNA med hj molekylvgt fra organismen af interesse og fysisk bryde det i sm stykker ved at fre den gennem en snver gauge sprjte eller sonikering det, en metode til at bryde prve ved anvendelse af lydblger. Forskydning er en tilfldig proces, s sekvenserne af fragmenterne vil have en vis overlapning mellem dem. Forskydning ikke specifikt skabe de 2000 basepar-fragmenter, der er ndvendige til sekventering, skal snarere fragmenter med den nskede strrelse oprenses fra blandingen. Det nste trin er at forbinde de DNA-fragmenter med brer-DNA kaldes en vektor. Denne proces er kendt som kloning, og det skaber en sekventering bibliotek, hvorfra sekvensen af et helt genom vil oprettet. Sekvensen for hver klon i biblioteket bestemmes, og computeranalyse bruges til at finde overlappende eller kontinuerte sekvenser i hvert fragment. Montering af overlapninger skaber en contig, ? der er en lang kontinuerlig strkning af DNA-sekvensen. shotgun kloning vil normalt resultere i nogle huller mellem contigs fordi nogle sekvenser mangler fra biblioteket tilfldigt. Huller kan fyldes ved at foretage et nyt bibliotek eller ved hjlp af kendte sekvenser for at udvide udad fra contig. Fordi shotgun-sekventering sekvenser DNA-fragmenter med skiftende, mange fragmenter sekventeret mere end n gang, at skabe strre sikkerhed for, at sekvensen er korrekt, end hvis hvert fragment kun var blevet sekventeret n eller to gange. blev Det menneskelige genom sekventeret bde af Human Genome Project ved hjlp af kort baseret sekventering og ved Celera hjlp af shotgun-sekventering. Shotgun-sekventering er nu den foretrukne fremgangsmde til andre former for genomsekvensering. De komplette genomer af mange organismer, ssom planten Arabidopsis thaliana, ris, koen, hund, kylling, chimpanse, rotte, mus, pufferfish, og mange mikroorganismer er blevet sekventeret p denne mde.Relaterede Sundhed Artikler
- Hvad er rsagerne til Hepatomegali?
- Hvordan kan jeg vlge den bedste Bodybuilding Gym?
- hvad nolvadex ?
- Hvad er de almindeligste rsager til fodgngere Fatalities?
- Hvordan kan jeg vlge den bedste Tonic for hrvkst?
- Hvad er Lndesttte?
- diverticulitis smertelindring
- Hvad er forskellen mellem den Lutealfasen og glsning?
- Hvor effektiv er Evening Primrose Oil for Acne?
- hvad prinivil ?