Hvad Er Bisulfite Sequencing?
Bisulfit-sekventering er en fremgangsmde, ved hvilken forskellige omrder af DNA analyseres ved hjlp af methylering. Methylering er processen med at tilfje et specifikt molekyle, der kaldes en methylgruppe, til et nukleotid, i dette tilflde sdvanligvis en cytosin. Inaktive nukleotider ofte methyleret, s denne metode kan anvendes til en rkke forml, fra at fastsl aktive regioner af et genom til identifikation af gen-rige regioner. I bisulfit-sekventering, er methylerede cytosiner ikke af sekventering processen, mens ikke-methylerede cytosiner omdannes til uracil, et nukleotid ikke normalt findes i det genetiske materiale, deoxyribonukleinsyre (DNA.) Denne metode er meget flsom overfor ndringer i metylering, s sm ndringer i binding kan give forskerne specifikke oplysninger om bestemte nukleotider. Natriumbisulfit konverterer cytosin til uracil, men omdannelsen sker i et milj, hvor methyleret cytosin, vil ikke underg denne ndring. Nr bisulfit-sekventering er fuldstndig, er den oprindelige DNA er omdannet til et vsentligt anderledes molekyle. Cytosiner vil blive meget forarmet eller potentielt fravrende. Hvis et cytosin der stadig findes i denne konverterede molekyle, udgr det et naturligt methyleret cytosin i genomet under overvejelse. Som alle eksperimentelle protokoller, har bisulfit sekventering ulemper. Dens vsentligste ulempe er, at det krver en meget hj saltkoncentration for at fungere korrekt. Saltet tilskynder annealing af enkeltstrenget DNA til dets mere naturlig dobbeltspiral, og natriumbisulfit kan ikke altid n cytosiner, nr de er en del af dobbeltstrenget DNA. Hvis saltkoncentrationen er for hj, kan et antal cytosiner ikke konverteres til uracil, hvilket resulterer i falsk identifikation af methylerede cytosiner i et genom. Denatureringsmidler kan vre ndvendig for at minimere antallet af falske positive identifikationer. Store mngder genomiske data er ikke ndvendige for bisulfit sekventering, s fremgangsmden er en nyttig anvendelse analysere kliniske prver. Den oprindelige nukleinsyre source betyder ikke noget, men kilden skal vre DNA. I teorien kunne ribonukleinsyre (RNA) sekventeres ved denne metode, da de fleste RNA single er strandet og ville ikke vre s udsat for falske positiver p grund af blokerede nukleotider. Nr omsat til praksis, men bisulfit sekventering er ikke nyttigt for RNA, fordi RNA har naturligvis uracil i det. Uden en slags ekstern censur eller tilfjelse til protokollen, vil konverterede cytosiner kunne skelnes fra naturlig uracil. Ved foretagelsen af enhver form for sekventering metodologi, njagtighed og prcision er afgrende. Flsomme metoder ssom bisulfit sekventering giver et plideligt middel til sekvensanalyse, hvilket igen giver mulighed for gen analyse og identifikation af ml for lgemidler og terapier. Selv om denne metode ikke kan anvendes p levende mennesker, kan det stadig vre en stor hjlp med kun den mindste af vvsprver at arbejde med.Relaterede Sundhed Artikler