Hi-C og kromosomkonformationsfangst: Teknikker til 3D genomarkitektur

Kromosomkonformationsfangst (3C) teknologier kortlægger rumlig nære DNA-lokusser, og afslører 3D genomorganisation: topologisk associerende domæner (TADs), loops, kompartimenter, forstærker-promotorkontakter.

Vigtige varianter

Metode	Nøgleinnovation	Opløsning/Skala	Bedst til
Hi-C	Genom-bred, ligering af krydslenkede fragmenter, NGS	1 kb – Mb (dybdeafhængig)	Upartisk genom-bred arkitektur
5C (3C-carbon copy)	Ligeringsmedieret amplifikation af udvalgte 3C produkter	Høj (målrettet)	Detaljerede lokus-specifikke interaktioner
ChIA-PET	ChIP + 3C (protein-centreret)	Genom-bred	TF/cohesin/CTCF-medierede loops
HiChIP / PLAC-seq	ChIP + nærhedsligering (lavere input)	Genom-bred	Protein-rettede interaktioner, færre celler
Capture-C / Capture Hi-C	Biotin-merket sonder beriger mål-lokusser	Meget høj (målrettet)	Promoter/forstærker interaktomer
Micro-C	MNase fordøjelse (nukleosom-oppløsning)	~100 bp	Nukleosom-niveau arkitektur
SPRITE / GAM	Ingen ligering; split-pool eller kerne-skæring	Genom-bred	Multi-vejs kontakter, ingen ligering bias

Biologiske indsigter

• TADs begrænser forstærker-promotorkommunikation.
• CTCF/cohesin medierer loop ekstrusion.
• Kompartimenter (A/B) korrelerer med aktiv/repressiv kromatin.
• Sygdom: Strukturelle varianter forstyrrer TADs → forstærker higgere (fx lem-misdannelser, kræft).

Valg afhænger af spørgsmål: genom-bred vs. målrettet, protein-centreret vs. upartisk, opløsning vs. gennemstrømning.