Hvordan er hicv og relaterede?

Hi-C og relaterede teknikker er en gruppe kromosomkonformationsindfangningsmetoder, der bruges til at studere genomets rumlige organisering.

Disse teknikker måler hyppigheden af ​​fysiske interaktioner mellem forskellige regioner af genomet, hvilket giver indsigt i højere ordens kromatinstruktur og lang række regulatoriske interaktioner. Her er nogle almindeligt anvendte Hi-C og relaterede teknikker:

1. Hi-C (High-throughput chromatin conformation capture):

Dette er den originale og mest udbredte Hi-C teknik. Det involverer tværbinding af interagerende kromatinsegmenter, fragmentering af DNA'et og derefter ligering af DNA-fragmenterne sammen. De ligerede fragmenter sekventeres derefter, og de resulterende data bruges til at generere et genom-dækkende interaktionskort.

2. 5C (cirkulær kromosomkonformationsindfangning):

Denne teknik ligner Hi-C, men bruger en anden biblioteksfremstillingsmetode, der resulterer i cirkulære DNA-fragmenter. Cirkularisering muliggør mere effektiv indfangning af langdistanceinteraktioner og kan give højere opløsningsdata i visse områder af genomet.

3. ChIA-PET (Chromatin-interaktionsanalyse ved parret-ende-tag-sekvensering):

Denne teknik kombinerer kromatinimmunpræcipitation (ChIP) med Hi-C for at identificere de langsigtede interaktioner forbundet med specifikke proteiner eller histonmodifikationer. Det kan bruges til at kortlægge interaktionerne mellem specifikke transkriptionsfaktorer eller andre regulatoriske proteiner med deres målgener.

4. PLAC-seq (nærhedsligationsassisteret kromatinsekventering):

Denne teknik anvender nærhedsligering til at fange interagerende DNA-fragmenter før sekventering. Det muliggør detektion af interaktioner med en højere opløsning sammenlignet med traditionelle Hi-C-metoder og kan give information om orienteringen af ​​interagerende sekvenser.

5. Capture Hi-C:

Denne teknik anvender biotinylerede RNA-prober til at berige for interaktioner mellem specifikke genomiske regioner af interesse. Ved at designe prober, der målretter mod specifikke loci, giver Capture Hi-C mulighed for målrettet analyse af genomiske interaktioner på en regionsspecifik måde.

Hver af disse teknikker giver værdifuld information om den tredimensionelle organisation af genomet og har bidraget til vores forståelse af genregulering, kromatin-dynamik og nuklear arkitektur. Valget af teknik afhænger ofte af det specifikke forskningsspørgsmål og det ønskede niveau af opløsning og kortlægning.