Autodock atomtyper

Autodock er en pædagogisk platform , der bruger kendte atomer og et gitter -interface i kombination med limning at forudsige bindende sats på de fleste små molekyler. Dette giver eleverne mulighed for stort set at studere molekyle binding uden at kræve dyre laboratorie tid og uddannelse. Elementer

Autodock understøtter grundelementer: H , C, N, O , F , Mg, P, S , Cl, Ca, Mn , Fe, Zn , Br og I. De er parametriseret inden for det program, så det genkender deres fysiske egenskaber, attributter og reaktioner på andre elementer. Disse grundlæggende elementer kan anvendes til dannelse af et molekyle og testet med en bindende anvendelse eller opløsningsmiddel. For eksempel vil en studerende angiver to hydrogen molekyler til en ilt molekyle , H2O og ville være i stand til at teste dette vand molekyle mod dets bindende sats.
Bindende

Autodock understøtter en række bindende eller docking kemikalier og elementer, bør navn og eller etiket docking element skrives ind i brugergrænsefladen for at finde og vælge den rette element . Autodock giver et system af redskaber , der skal hjælpe visning, overvåge og fremskynde bonding processen . Heriblandt røntgenkrystallografi , strukturbaseret lægemiddeldesign , bly optimering, virtuel screening ( HTS ) , kombinatorisk bibliotek design, protein-protein- docking og kemisk mekanisme studier. Dette giver en studerende til at arbejde med de elementer og til at binde dem under en række betingelser, så der kan opnås de bedste og mest nøjagtige testresultater .
Grid kort gældende

Autodock gitter eller Gitter kort bruges til at parre og match elementer med bindemidler; at gøre det, skal den studerende angive det kemiske navn på det element i enkelt bogstav format til at finde det på nettet. Elementer på nettet er allerede blevet undersøgt og afprøvet , og er allerede blevet defineret deres påbudt. Dette giver mulighed for en studerende at blot vælge et atom og bindemiddel uden at skulle indtaste oplysninger . Den Autodock Grid Kort giver derfor en studerende at lære om de egenskaber og omkredsen af ​​atomet , mens teste dets bindende sats.
Tilføje elementer

Hvis en elev har et element der endnu ikke er trådt i Autodock system , kan de indtaste det ved hjælp Autodock præ - eksisterende perimeter fil med den nøjagtige detaljerede oplysninger om atom pågældende . Denne skal så uploades til Autodock og kalibreret , re- kalibreret for nøjagtighed før at blive testet. Dog skal det bemærkes, at tilføje et element kræver et indgående kendskab til, hvordan det element vil handle og reagere i løbet af bonding processen samt med andre atomer .
Hoteltilbud